实验室注重不断完善管理理念和管理模式，建设和管理做到规范化、制度化和档案化。建设伊始，实验室就制定了一系列规章制度，推进实验室各项工作有序开展和高效运行。这些规章制度包括《实验室管理制度》、《实验室运行经费管理办法》、《实验室安全管理制度》、《仪器使用管理制度》、《药品使用管理制度》、《实验室卫生制度》等，并抓好日常落实情况，无重大安全事故等问题。其次实验室建设有专业维护团队的网站，并通过该网站不定期向社会发布实验室相关信息、新闻及开放课题。实验室具有健全的组织机构，设立了管理委员会，建立完善的规章制度，制定实验室管理实施细则，提供开放运行经费，提供其它配套条件和后勤保障。实验室设主任1人，下设4个研究室，每个研究室设主任1人。实验室主任负责实验室的日常管理工作，确保各项规章制度有效运行，开放课题立项、验收与研究

资料存档、经费支出、人员聘用等重大事项决策公开透明。实验室学术委员会是由国内外具有较深学术造诣的权威专家、教授组成，是实验室的学术指导机构，成员15人，主要任务是制定实验室的研究方向、目标，审批研究课题、成果评价，对实验室的规章制度和运行管理等提供决策与指导，定期召开学术委员会会议。实验室近5年召开学术委员会会议5次。实验室对高级别科研立项、科研获奖、高水平论文和授权发明专利给予资金奖励。对拔尖人才优先分配实验室房间，仪器设备优先使用。实验室传承大庆精神、铁人精神，严谨务实，注重培养学生良好的品行和道德，树立了良好的学术风气，没有违反学术道德等问题。